Després del succeït en Arkham Asylum, Batman i el Jugador Escaldenc s’enfronten a un nou perill: Arkham City.
En aquesta ciutat-presó tots els malvats de Gotham City estan atrapats, fent tota mena de malifetes en el caos més total i el pitjor de tot és que Arkham City és dirigida pel malvat Dr.Hugo Strange que no solament coneix la doble identitat del cavaller fosc sinó que té pensat posar a punt el misteriós “Protocol 10”.
A fi d’acabar amb el caos regnant i protegir Gotham i la seva pròpia identitat, Batman juntament amb el Jugador Escaldenc s’enfrontaran a tota mena de perills, on nous i vells dolents faran de les seves i on aliats inesperats vindran a fer costat.